La microbiota intestinal y sus metabolitos juegan roles importantes en el crecimiento animal al influir en la ingesta, almacenamiento, absorción y utilización de nutrientes por parte del huésped. Además de los factores ambientales, principalmente la dieta, la raza de pollo y la etapa de crecimiento también afectan los cambios en la microbiota intestinal. Sin embargo, se ha realizado poca investigación sobre el desarrollo de la microbiota intestinal y sus metabolitos en pollos locales. En este estudio, se investigaron la microbiota cecal y los metabolitos en diferentes etapas de desarrollo de los pollos Hainan Wenchang (una raza nativa de Bantam) utilizando secuenciación de 16S rRNA y metabolómica no dirigida. Con el envejecimiento, la estructura de la microbiota intestinal tendió a ser más estable. Las proporciones relativas de los filos bacterianos dominantes Firmicutes, Bacteroidetes y Proteobacteria mostraron cambios en las etapas de desarrollo. Con el envejecimiento, la microbiota intestinal y sus metabolitos pueden tener cambios estructurales y funcionales en respuesta al metabolismo de nutrientes y a los requerimientos inmunológicos en diferentes estados fisiológicos. Se detectaron varios biomarcadores microbianos y metabólicos con diferencias estadísticas en diferentes etapas de desarrollo. Las bacterias que forman redes con sus metabolitos relacionados significativos eran diferentes en varias etapas de crecimiento. Algunas bacterias diferenciales estaban significativamente correlacionadas con ácidos grasos de cadena corta como el ácido butírico. Estos hallazgos pueden proporcionar nuevas perspectivas sobre los mecanismos fisiológicos y moleculares de los cambios de desarrollo de las razas de pollos locales, así como recursos para la identificación de biomarcadores microbianos y metabólicos para mejorar la eficiencia de crecimiento.