El papel de los murciélagos en la ecología microbiana global es sin duda significativo debido a sus respuestas inmunitarias únicas, su capacidad para volar y su larga vida, todos contribuyendo a la propagación de patógenos. Algunos de estos animales hibernan durante el invierno, lo que resulta en la alteración de su fisiología. Sin embargo, los cambios en la microbiota intestinal durante la hibernación son poco estudiados. En esta investigación, estudiamos la composición y diversidad de la microbiota intestinal cultivable antes, durante y después de la hibernación en un centro de rehabilitación de murciélagos. Los microorganismos intestinales se aislaron en un amplio espectro de medios de cultivo, se contaron e identificaron con espectrometría de masas. Se utilizó modelado lineal para investigar asociaciones entre la abundancia de microorganismos y el estado fisiológico, y se utilizaron índices de alfa y beta-diversidad para explorar los cambios en la diversidad. Como resultado, se observaron cambios más notables en , , , y , que fueron significativamente más abundantes en murciélagos en hibernación, mientras que , , , , y fueron más abundantes en murciélagos activos antes de la hibernación. La alfa-diversidad fue la más baja en murciélagos en hibernación, mientras que la beta-diversidad difirió significativamente entre todos los períodos estudiados. En general, este estudio muestra que la hibernación contribuye a cambios en la composición y diversidad de la microbiota intestinal cultivable de los murciélagos.