Las peras fragantes de Korla (Yü) tienen un sabor único y son ricas en ácidos fenólicos, flavonoides, aminoácidos y otros nutrientes. En la actualidad, se desconoce la base molecular de las diferencias de calidad entre las frutas de pera fragante de Korla con cáliz convexo y piel rugosa (RS), caída del cáliz (SD) y cáliz convexo (CV). Para analizar los principales componentes metabólicos de las frutas de pera fragante de Korla y comparar las actividades antioxidantes de estas tres frutas con diferentes calidades, utilizamos análisis de composición de nutrientes y enfoques de metabolómica dirigida ampliamente basados en cromatografía líquida de ultra alto rendimiento-espectrometría de masas en tándem (UPLC-MS/MS) para analizar los cambios en las características de calidad de la pulpa de estas tres frutas de pera fragante de Korla con diferentes apariencias. El análisis de composición de nutrientes mostró que los contenidos de fructosa y glucosa no eran significativamente diferentes, y los contenidos de sacarosa y vitamina C eran significativamente más altos en las frutas SD en comparación con las frutas CV y RS. Sin embargo, los niveles de sustancias de sabor como ácidos titulables, fenoles totales y flavonoides totales eran altos en la pulpa de las frutas RS. Los resultados de metabolómica identificaron 1976 metabolitos que se agruparon en 12 categorías, y los metabolitos de ácidos fenólicos y flavonoides fueron los más abundantes. Los metabolitos acumulados diferencialmente (DAMs) en las frutas con diferentes apariencias fueron seleccionados mediante métodos estadísticos multivariantes, y se detectaron un total de 595 DAMs. El análisis identificó 300 DAMs entre las frutas CV y SD, 246 DAMs entre las frutas RS y CV, y 405 DAMs entre los grupos RS y SD. Las frutas SD contenían la mayor cantidad de metabolitos con un alto contenido relativo, especialmente ácidos fenólicos, lípidos, aminoácidos y derivados, alcaloides y ácidos orgánicos. En comparación con las frutas CV, el metabolismo de flavonoides fue más activo en las frutas RS, que también tenían un mayor contenido de flavonoides, mientras que se encontraron menos metabolitos en las frutas CV, que también mostraron menos acumulación de flavonoides. El análisis de enriquecimiento de la vía KEGG reveló que los DAMs estaban principalmente enriquecidos en las vías metabólicas de biosíntesis de flavonas y flavonoles, confirmando que las frutas CV tienen una disminución en la biosíntesis de flavonas y flavonoles y acumulan menos flavonoides que las frutas RS, lo que puede explicar el sabor menos amargo y astringente de las frutas CV. Sin embargo, el contenido de flavonoides en las frutas RS era muy alto, lo que puede ser una de las razones por las que las frutas RS tienen una pulpa más dura y son menos jugosas, más arenosas y menos sabrosas. Además, el análisis de la actividad antioxidante mostró que durante el desarrollo y la maduración de la fruta, las frutas RS tenían una actividad antioxidante más fuerte que las frutas SD y CV. Estos resultados proporcionan una base teórica para mejorar la calidad de la fruta de las peras fragantes de Korla y el procesamiento de la pulpa de pera.