¿Cómo han evolucionado los animales nuevos diseños corporales (evolución morfológica)? Esto requiere explicaciones tanto para cambios morfológicos simples, como las diferencias en pigmentación y patrones de pelaje entre diferentes poblaciones y especies, como también para cambios más complejos, como las diferencias en las extremidades anteriores de los ratones y los murciélagos, y los cuellos de los anfibios y reptiles. Los cambios genéticos y las vías involucradas en estos pasos evolutivos requieren identificación. Muchos, aunque no todos, de estos eventos ocurren por cambios en elementos reguladores (mejoradores) dentro de los genes de desarrollo. Los mejoradores son modulares, cada uno afectando la expresión en solo uno o unos pocos tejidos. Por lo tanto, es posible agregar, eliminar o alterar un mejorador sin producir cambios en múltiples tejidos, y así evitar efectos perjudiciales generalizados (pleiotrópicos). Idealmente, para un paso dado en la evolución morfológica es necesario identificar (i) el cambio en el fenotipo, (ii) los cambios en la expresión génica, (iii) la región del ADN, mejorador o de otro tipo, afectada, (iv) la mutación involucrada, (v) la naturaleza de la transcripción u otros factores que se unen a este sitio. En la práctica, estos datos son incompletos para la mayoría de los estudios publicados sobre evolución morfológica. Aquí, las investigaciones se categorizan según hasta dónde han avanzado estos análisis.