Este estudio investigó el efecto del estrés por sequía en la expresión de genes de cloroplastos en dos genotipos diferentes (A1 y A4) de plantas de madroño con rendimientos contrastantes. Las plantas de dos años fueron sometidas a sequía (20 días al 18% de capacidad de campo), y se analizaron la actividad fotosintética, el contenido de clorofila y los niveles de expresión de 16 genes de cloroplastos involucrados en la fotosíntesis y enzimas relacionadas con el metabolismo. Las respuestas específicas del genotipo fueron prominentes, con A1 mostrando marchitez y rizado de hojas, en contraste con los síntomas leves observados en A4. La cuantificación del daño utilizando las tasas de asimilación neta de CO y el contenido de clorofila reveló una reducción significativa en A1, mientras que A4 mantuvo estabilidad. El análisis de expresión génica reveló una importante regulación a la baja de A1 (15 de 16 genes) y una regulación al alza de A4 (14 de 16 genes). Notablemente, fue regulado a la baja en A1, mientras que fue regulado al alza en A4. El Análisis de Componentes Principales (PCA) destacó clústeres específicos del genotipo, enfatizando respuestas distintas bajo estrés, mientras que un análisis de correlación elucidó relaciones intrincadas entre la expresión génica, la asimilación neta de CO y el contenido de clorofila. En particular, se encontró una correlación positiva con , mientras que se encontró una correlación negativa con en el genotipo A1. El análisis de regresión identificó posibles predictores para la asimilación neta de CO, en particular . Estos hallazgos contribuyen con valiosos conocimientos para futuras estrategias dirigidas a la mejora de cultivos y la resiliencia al estrés, destacando el papel central de los cloroplastos en la orquestación de las respuestas de las plantas a los estresores ambientales, y pueden contribuir al desarrollo de variedades de plantas tolerantes a la sequía, que son esenciales para mantener la agricultura en regiones afectadas por la escasez de agua.