Se llevaron a cabo experimentos en microcosmos de suelo con el tratamiento de formulaciones de pesticidas - imidacloprid, benomilo y metribuzin en tasas de aplicación únicas y diez veces mayores. Para estimular adicionalmente a los microorganismos, se agregó una mezcla de almidón y minerales a algunas variantes. Para todas las muestras, se realizó secuenciación de alto rendimiento en la plataforma Illumina MiSeq de los fragmentos V4 (ARNr 16S) y ITS1 (ARNr 18S). Como resultado, fue posible establecer los cambios característicos en la estructura de las comunidades fúngicas y bacterianas del suelo bajo la aplicación de pesticidas. La aplicación de pesticidas estuvo acompañada de cambios drásticos en la alfa-diversidad de la comunidad fúngica. El filo Basidiomycota probablemente estuvo involucrado en la degradación de pesticidas. Los cambios en la abundancia relativa de los géneros , , , , , , , y se pueden proponer como un indicador de contaminación por pesticidas. Se sugiere utilizar estos marcadores para la evaluación a gran escala del efecto de los pesticidas en las comunidades microbianas del suelo en lugar de los métodos integrales clásicos, incluidos dentro del marco del registro estatal de pesticidas. También se recomienda investigar el efecto de los pesticidas en el microbioma del suelo durante sucesiones iniciadas artificialmente utilizando una fuente adicional de carbono.