Informes recientes han mostrado un aumento del fitoplancton potencialmente dañino en la bahía de Santos (costa sureste de Brasil), ubicada en un complejo estuarino altamente urbanizado. Por lo tanto, la predicción de floraciones es esencial, pero la estructura de la comunidad fitoplanctónica en regiones muy dinámicas es difícil de determinar. En el presente trabajo, discriminamos la dominancia del microfitoplancton formador de floraciones y su relación con variables físicas y meteorológicas para buscar patrones observados en diferentes mareas y estaciones. Al comparar ocho situaciones distintas, encontramos cinco escenarios de dominancia que podrían estar relacionados con los vientos, las mareas y las precipitaciones: i) Surfers, diatomeas que se presentan durante las zonas de oleaje de alta energía; ii) Sinkers, representadas por diatomeas de células más grandes durante la marea viva, después de períodos de altas tasas de precipitación; iii) Mixers oportunistas, compuestos por diatomeas que forman cadenas con células pequeñas o alargadas que se presentan durante las mareas muertas. iv) Mezcladores locales, diatomeas microplanctónicas y dinoflagelados presentes en las 298 estaciones de muestreo; y v) Dinoflagelados mixotróficos, tras intensas descargas estuarinas. Los resultados sugieren alteraciones en los patrones temporales de algunas especies que forman floraciones, mientras que otras aparecieron en abundancias superiores a los límites seguros para la salud pública. Este enfoque también puede ilustrar los posibles impactos de los cambios en la descarga de agua dulce en estuarios altamente urbanizados.