El suelo de humedal urbano proporciona servicios ecosistémicos (SE) a través de sus funciones. Los cambios en las propiedades del suelo debido a disturbios antropogénicos conducen a una pérdida de calidad del suelo. El objetivo de esta investigación fue evaluar el efecto del disturbio antropogénico cercano en las propiedades químicas, físicas y biológicas del suelo del humedal urbano. Se recolectaron muestras de suelo de cuatro sitios (P1, P2, P3 y P4) ubicados en el humedal urbano de Angachilla, Chile, de acuerdo con la magnitud del disturbio antropogénico. Se llevó a cabo una evaluación de las propiedades físicas y químicas del perfil del suelo en dos sitios, P1 y P4. Además, se evaluaron las propiedades químicas y biológicas del suelo en los cuatro sitios seleccionados. Los resultados de los perfiles de suelo mostraron que Hz1 de P4 tenía niveles más altos de fertilidad del suelo como resultado de un bajo disturbio antropogénico en contraste con Hz1 de P1 (p < 0.05). Se observaron diferencias relevantes entre los sitios para P-Olsen, pH NaF, gen nosZ, Nitrato y Na (PC1: 50.5%). La composición de la comunidad bacteriana del suelo en P1 y P4 mostró mayor riqueza y diversidad. El disturbio antropogénico en el suelo del humedal urbano conduce a una pérdida del horizonte orgánico del suelo, así como de su calidad y, posteriormente, de su capacidad para proporcionar SE a través de sus funciones.