La restauración natural de los ecosistemas incluye la restauración de asociaciones planta-microorganismo; sin embargo, pocos estudios han documentado esos cambios en los ecosistemas tropicales. Con el objetivo de contribuir a entender los cambios microbianos del suelo en una sucesión natural de regeneración de pastizales degradados que fueron dejados para restauración natural, estudiamos los cambios en las comunidades de hongos micorrícicos arbusculares (AM). Los hongos micorrícicos arbusculares (AMF) establecen una simbiosis mutualista con las plantas, mejorando la nutrición de las plantas. La amplificación de la subunidad pequeña del ARNr con cebadores específicos y la secuenciación de Illumina se utilizaron para buscar comunidades de hongos micorrícicos arbusculares en el suelo en cuatro etapas sucesionales de regeneración natural en dos paisajes (colina y montaña) con diferencias de suelo, ubicados en la transición andina-amazónica. Los resultados moleculares corroboraron los resultados obtenidos previamente por enfoques dependientes de esporas. Existe una mayor abundancia y taxones virtuales de AMF en el suelo de pastizales degradados y etapas tempranas de regeneración natural que en suelos de bosques antiguos o maduros. Aunque los cambios en las comunidades de hongos micorrícicos arbusculares ocurrieron de manera similar a lo largo de la cronosecuencia de regeneración natural, las diferencias en la textura del suelo entre paisajes fueron una característica importante del suelo que diferenció la composición y riqueza de la comunidad de hongos micorrícicos arbusculares. Los cambios en las comunidades de hongos micorrícicos arbusculares del suelo reflejan algunas señales de restauración ambiental que no se habían descrito antes, como la reducción de la dominancia y el aumento de la representatividad en la comunidad de hongos micorrícicos arbusculares durante la cronosecuencia de regeneración natural.