Los rasgos anatómicos de las hojas están influenciados por factores ambientales y genéticos; sin embargo, los estudios que investigan la interacción genotipo x ambiente en estos rasgos son escasos. Este estudio hipotetizó que (1) la anatomía de las hojas de los genotipos de spp. es variada, y (2) las interacciones entre los manejos y las estaciones influyen significativamente en los rasgos anatómicos de las hojas, induciendo una clara adaptación a ambientes específicos. Se investigaron posibles modificaciones de la anatomía de las hojas en los genotipos de spp. bajo diferentes manejos: monocultivo a pleno sol a baja altitud (MLA), monocultivo a pleno sol a alta altitud (MHA) y agroforestería a baja altitud (AFS), en invierno y verano. El genotipo influyó en todos los rasgos anatómicos de las hojas investigados, contribuyendo con un 2.3-20.6% de la varianza. Las interacciones genotipo x ambiente contribuyeron con un 2.3-95.8% de la varianza en rasgos clave. Los efectos de las interacciones genotipo x manejo fueron más intensos que los de las interacciones genotipo x estación en rasgos como el grosor de la hoja, el grosor del parénquima en empalizada, la epidermis abaxial y el diámetro polar y ecuatorial de los estomas. El manejo AFS fue más efectivo en alterar los rasgos anatómicos de las hojas que las diferencias de altitud entre MLA y MHA, independientemente de la estación. Estos hallazgos proporcionan valiosos conocimientos para futuras investigaciones y para el desarrollo de estrategias que mejoren la adaptación de las plantas de café a las condiciones ambientales cambiantes.