La secuenciación de alto rendimiento se utilizó para distinguir los perfiles de expresión génica y de miARN en las hojas de tres progenies de una línea de retrocruzamiento de introducción de arroz (BCF) y sus padres (y arroz silvestre, ). Se identificaron un total de 33,419 genes y 513 miARN en dos padres y tres líneas, y la mayoría de los genes y miARN se expresaron comúnmente. Los resultados muestran que del 10.23% al 17.94% de los genes eran genes diferencialmente expresados (DEGs) en las progenies en comparación con los dos padres, y la mayoría de ellos estaban regulados al alza. De los miARN, del 12.56% al 15.43% estaban diferencialmente expresados en las comparaciones de progenie/, y la mayoría de ellos estaban regulados al alza, mientras que del 42.02% al 45.21% de los miARN estaban diferencialmente expresados en las comparaciones de progenie/, de los cuales casi la mitad estaban regulados a la baja. La mayoría de los DEGs y miARN diferencialmente expresados mostraron niveles de expresión cercanos a los de , lo que indica que la expresión de genes y miARN en las progenies estaba estrechamente relacionada con sus complementos cromosómicos y que los miARN eran más susceptibles que los genes a los efectos de la composición genómica. Además, se predijo un mayor número de genes diana en las comparaciones de progenie/. Finalmente, encontramos que la expresión de algunos genes y miARN podría aumentar la posibilidad de respuestas al estrés abiótico y adaptación en las progenies. En conjunto, nuestros hallazgos aumentan la comprensión de los mecanismos moleculares de la hibridación y el retrocruzamiento en los niveles de expresión de genes y miARN en las hojas de arroz.