Los huevos son un componente dietético vital para los humanos, y es beneficioso aumentar la producción de huevos para apoyar la avicultura. Inicialmente, la tasa de producción de huevos aumenta rápidamente con las gallinas jóvenes hasta alcanzar su punto máximo, y luego disminuye gradualmente. Al extender la duración de la producción máxima de huevos, se puede mejorar significativamente el rendimiento de las gallinas. Estudios anteriores encontraron cambios dinámicos en la microbiota intestinal durante la puesta de huevos, y varias especies de microbiota aisladas del intestino de las gallinas mejoraron el rendimiento de la puesta. Sin embargo, la interacción entre los microbios y la expresión génica del huésped aún no está clara. Este estudio proporciona una comprensión más completa de la puesta de huevos en las gallinas al examinar alteraciones dinámicas en la microbiota de todo el tracto intestinal (es decir, duodeno, yeyuno e íleon) y la expresión génica. La comunidad microbiana en el intestino experimentó cambios significativos durante diferentes períodos de puesta de huevos (es decir, períodos pre-, pico y tardío). El análisis funcional metagenómico mostró que la abundancia relativa de la biosíntesis de aminoácidos, metabolitos secundarios y cofactores disminuyó significativamente en el duodeno, yeyuno e íleon de las gallinas envejecidas. Los niveles relativos de aldosterona, GnRH, insulina, hormona de crecimiento y otras vías relacionadas con hormonas aumentaron drásticamente en la microbiota intestinal durante la puesta de huevos, pero solo en la microbiota ubicada en el duodeno y el íleon. El análisis del transcriptoma sugirió que los genes asociados con varios procesos de transporte se regulaban al alza de manera consistente en el intestino delgado durante la puesta de huevos; los genes involucrados en el desarrollo de la estructura intestinal se regulaban a la baja; y los genes involucrados en la respuesta al daño del ADN y al estrés eran consistentes con los cambios en la tasa de puesta. La abundancia de Lactobacillus estaba relacionada con la expresión de , , , y en el duodeno; estaba correlacionada significativamente con la expresión de , , y en el yeyuno; y estaba correlacionada positivamente con la expresión de y en el íleon. Estos resultados indicaron que la microbiota intestinal y la expresión génica del huésped pueden influir conjuntamente en la producción de huevos.