El desarrollo de semillas de soja acumula aceites, proteínas y carbohidratos que se utilizan como sustratos oxidables, proporcionando precursores metabólicos y energía durante la germinación de las semillas. La acumulación de estos compuestos de almacenamiento en las semillas en desarrollo está altamente regulada a múltiples niveles, incluyendo la regulación transcripcional y post-transcripcional. Se utilizó secuenciación de ARN para proporcionar información integral sobre los eventos transcripcionales y post-transcripcionales que tienen lugar en los embriones de soja en desarrollo. Los análisis bioinformáticos llevaron a la identificación de diferentes clases de isoformas alternativamente empalmadas y los cambios correspondientes en sus niveles a escala global durante el desarrollo del embrión de soja. El empalme alternativo se asoció con transcritos involucrados en varios procesos metabólicos y de desarrollo, incluyendo el metabolismo central de carbono y nitrógeno, la inducción de la maduración y la dormancia, y el propio empalme. Un examen detallado de isoformas de ARN seleccionadas reveló alteraciones en dominios individuales que podrían resultar en cambios en la localización subcelular de las proteínas resultantes, interacciones proteína-proteína y enzima-sustrato, y regulación de las actividades proteicas. Diferentes isoformas pueden desempeñar un papel importante en la regulación de procesos de desarrollo y metabólicos que ocurren en diferentes etapas en el desarrollo de embriones de semillas oleaginosas.