Las mejoras en la productividad de los cultivos, la salud del suelo y la intensificación sostenible deben basarse en una mejor comprensión de las interacciones entre los sistemas de cultivo y la diversidad microbiana del suelo. En este estudio, evaluamos las variaciones en las comunidades microbianas a través de los sistemas de cultivo tradicionales basados en plátano de vigor de monocultivo contrastante (vigoroso o V frente a no vigoroso o NV) y el sistema de cultivo (monocultivo o MC frente a intercalado o IC) utilizando secuenciación profunda de amplicones de 16S rDNA (V3-V4) e ITS2 a través de la plataforma Illumina. Los resultados de la secuenciación de las comunidades bacterianas y fúngicas mostraron una alta variabilidad entre los sistemas de cultivo MC y V. Las abundancias de Proteobacteria, Firmicutes y Actinobacteria fueron significativamente más altas en los sistemas de cultivo NV (no vigoroso) y V (vigoroso); y las abundancias de Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria y Bacteroidetes en el MC (monocultivo) que en el IC (intercalado). Hubo altas abundancias relativas de (6.1-37.43%), (4.5-20.4%), (1.4-6.5%) y (1.5-6.7%) en los sistemas de cultivo. La familia dominante de la clase fúngica Incertae_sedis fue Mortierellales, que representó entre el 8.79% y el 41.12% del total de taxones. Este resultado indicó que los sistemas de cultivo son vitales para apoyar la dinámica diversidad microbiana, específicamente beneficiosa para las comunidades bacterianas que ayudan a promover interacciones sinérgicas planta-suelo y la productividad total en condiciones de escasos recursos de los pequeños agricultores en el África subsahariana (SSA).