La actividad microbiana del suelo, la biomasa y la estructura fueron evaluadas en un suelo no enmendado (S) y enmendado orgánicamente tratado con dos formulaciones comerciales de los herbicidas clorotolurón (Erturon) y flufenacet más diflufenican (Herold) en condiciones de campo. Los suelos fueron enmendados con sustrato de champiñón gastado (SMS) o compost verde (GC). La actividad dehidrogenasa microbiana del suelo (DHA), la biomasa y la estructura determinada por los perfiles de ácidos grasos de fosfolípidos (PLFA) se registraron a los 0, 45, 145, 229 y 339 días después del tratamiento con herbicidas. Los valores de DHA del suelo disminuyeron constantemente con el tiempo en el suelo no enmendado tratado con los herbicidas, mientras que la actividad microbiana fue constante en los suelos enmendados. Los suelos enmendados registraron valores más altos de concentraciones de PLFAs. La biomasa microbiana total disminuyó con el tiempo independientemente de la enmienda orgánica o del herbicida. La aplicación de herbicidas disminuyó bruscamente la población microbiana, con una modificación significativa de la estructura microbiana en el suelo no enmendado. En contraste, no se detectaron diferencias significativas en la biomasa y estructura microbiana en S + SMS y S + GC, no tratados o tratados con herbicidas. La aplicación de SMS y GC provocó un cambio significativo en la comunidad microbiana del suelo independientemente de los herbicidas. El uso de SMS y GC como enmiendas orgánicas tuvo un cierto efecto amortiguador en la DHA del suelo y en la biomasa y estructura microbiana después de la aplicación de herbicidas debido a la mayor capacidad de adsorción de herbicidas por los suelos enmendados.