Introducido como un disuasivo de la erosión del suelo, el cedro salado se ha convertido en una amenaza a lo largo de los lechos de los ríos en el suroeste del desierto. El cedro salado reemplaza a las especies nativas, alterando permanentemente la estructura, composición, función y procesos naturales del paisaje. Las tecnologías de teledetección tienen el potencial de monitorear el nivel de invasión y sus impactos en los servicios ecosistémicos. En esta investigación, desarrollamos un mapa de especies segmentando y clasificando varias especies a lo largo de un tramo del río Gila inferior. Calculamos métricas a partir de imágenes multiespectrales de alta resolución y datos de detección y medición de luz (LiDAR) para identificar cedro salado, mezquite y creosota. Los analistas obtuvieron información de entrenamiento y validación a partir de ortofotos adquiridas por drones para lograr una precisión general del 94%. Está claro por los resultados que el cedro salado domina completamente el área de estudio, con pequeños números de mezquite y creosota presentes. También mostramos que la vegetación ha disminuido en el área de estudio durante los últimos 25 años. Discutimos cómo el uso del agua puede estar influyendo en la salud de las plantas y la biodiversidad en la región. Un examen de datos de pozos de agua, medidores de corriente y datos de almacenamiento de agua subterránea del Experimento de Recuperación de Gravedad y Clima (GRACE) indica una disminución en los niveles de agua cerca del área de estudio durante los últimos 25 años.