Este estudio siguió las fases críticas de la cadena de suministro de camarones vivos, incluyendo post-cosecha, post-transporte, post-reposo y ventas simuladas bajo dos condiciones de temperatura: temperatura ambiente (TA; 29 grados C +/- 0.3 grados C) y baja temperatura (BT; 23 grados C +/- 0.3 grados C). El objetivo era abordar la brecha en los cambios en la calidad del músculo y la microbiota intestinal de los camarones a lo largo de la cadena de suministro en vivo y sus interacciones. Los resultados sugieren que el transporte se asoció con la mayor mortalidad y alteró las prioridades metabólicas, mientras que los camarones sometidos a un reposo de 3 horas mostraron signos de alivio del estrés y cambios beneficiosos en la función de la microbiota intestinal. El grupo de BT exhibió tasas de supervivencia más altas, mejores parámetros de calidad y una microbiota intestinal más estable. Además, se identificaron como posibles biomarcadores para mantener la calidad de los camarones. Estos hallazgos ofrecen información sobre la optimización de las estrategias de la cadena de suministro de camarones y proponen biomarcadores de microbiota intestinal para mejorar la calidad del músculo en la gestión de la acuicultura.