El síndrome de úlceras gástricas equinas (EGUS) es una enfermedad altamente prevalente que afecta a los caballos en todo el mundo. Dentro del EGUS, se han descrito dos formas diferentes: la enfermedad gástrica escamosa equina (ESGD) y la enfermedad gástrica glandular equina (EGGD). Los signos clínicos asociados causan un rendimiento de actividad perjudicial, reduciendo la calidad de vida de los animales. La saliva puede contener biomarcadores para el EGUS que podrían ser utilizados potencialmente como una herramienta complementaria para el diagnóstico. El objetivo de este trabajo fue evaluar las mediciones de calprotectina (CALP) y aldolasa en la saliva de los caballos como biomarcadores potenciales del EGUS. Para este propósito, se validaron analíticamente ensayos automatizados para la cuantificación de estas dos proteínas y se aplicaron para detectar EGUS en un total de 131 caballos divididos en 5 grupos: caballos sanos, ESGD, EGGD, ESGD y EGGD combinados, y caballos con otras patologías intestinales. Los ensayos mostraron buena precisión y exactitud en la validación analítica, y fueron capaces de discriminar entre caballos con EGUS y caballos sanos, especialmente en el caso de CALP, aunque no mostraron diferencias significativas entre caballos con EGUS y caballos con otras enfermedades. En conclusión, la CALP y la aldolasa salivales pueden ser determinadas en la saliva de los caballos y se justifican estudios adicionales para dilucidar el potencial de estos analitos como biomarcadores en el EGUS.