La microbiota de las semillas es un componente importante que la naturaleza proporciona a las plantas, protegiendo las semillas de daños causados por otros organismos y estrés abiótico. Sin embargo, se sabe poco sobre los cambios dinámicos y las funciones potenciales de la microbiota de las semillas durante el desarrollo de las mismas. En este estudio, investigamos la composición y las funciones potenciales de la microbiota de las semillas de colza. Se identificaron un total de 2496 variantes de secuencia de amplificación (ASVs) pertenecientes a 504 géneros en 25 filos, y la microbiota de las semillas de todas las etapas de muestreo se dividió en tres grupos. La microbiota de los botones florales, las vainas jóvenes y las semillas a los 20 días después de la floración (daf) formó el primer grupo; la de las semillas a los 30 daf, 40 daf y 50 daf formó el segundo grupo; la de las semillas maduras y las semillas parentales se agruparon en el tercer grupo. Las funciones de la microbiota de las semillas se identificaron utilizando PICRUSt2, y se encontró que el metabolismo de sustancias de la microbiota de las semillas estaba correlacionado con el de las semillas. Finalmente, se identificaron sesenta y un ASVs centrales, incluidos varios patógenos humanos potenciales, y se aisló un miembro de la microbiota central de las semillas, que se encontró que promovía el crecimiento de plántulas y mejoraba la resistencia contra un patógeno importante en la colza. Nuestros hallazgos proporcionan una nueva perspectiva para comprender la composición y las funciones de la microbiota durante el desarrollo de las semillas y pueden mejorar la eficiencia de la búsqueda de microbios beneficiosos en las semillas.