El eje intestino-hígado es una coordinación bidireccional entre el intestino, incluidos los residentes microbianos, la microbiota intestinal, por un lado, y el hígado por el otro. Cualquier alteración en esta comunicación puede llevar a un estado de enfermedad que impacta la funcionalidad tanto del intestino como del hígado. Una de las principales causas de trastornos hepáticos es la infección por el virus de la hepatitis C (VHC), que se ha demostrado que está asociada con la disbiosis de la microbiota intestinal en diferentes etapas de la progresión de la enfermedad. Esta disbiosis puede iniciar un ciclo de inflamación y alteración metabólica que afecta la salud del intestino y del hígado y contribuye a la progresión de la enfermedad. Esta revisión discute la literatura más reciente que aborda esta interacción entre la microbiota intestinal y el hígado en la infección por VHC desde ambas direcciones. Además, destacamos la contribución de la microbiota intestinal al metabolismo de los antivirales utilizados en los regímenes de tratamiento del VHC y el impacto de estos medicamentos en la composición de la microbiota. Esta revisión ilumina el potencial de la manipulación de la microbiota intestinal como un enfoque terapéutico alternativo para controlar las complicaciones hepáticas después de la infección por VHC.