El dragado es una perturbación catastrófica que afecta directamente los procesos biológicos clave en los ecosistemas acuáticos, especialmente en aquellos pequeños y poco profundos. En los trópicos, las respuestas metabólicas podrían verse potenciadas por las altas temperaturas y la incidencia solar. En este estudio, evaluamos los cambios en la producción primaria acuática a lo largo de una pequeña sección de aguas abajo tropicales de bajo caudal (Arroyo Imboassica, Brasil) después del dragado. Nuestros resultados sugieren que estos ecosistemas podrían mostrar cambios catastróficos entre la heterotrofia neta y la autotrofia en aguas con base en tres etapas a corto plazo posteriores al dragado: (I) una producción primaria neta (PPN) fuertemente heterotrófica, acoplada a una respiración intensa (R), probablemente sustentada por una alta concentración de sedimentos orgánicos resuspendidos y nutrientes del fondo; (II) una PPN fuertemente autótrofa, acoplada a una intensa producción primaria bruta (PPB), favorecida por los altos niveles de nutrientes y la baja atenuación de la luz solar proveniente de sólidos suspendidos o macrófitos acuáticos; y (III) una PPN cercana al equilibrio, asociada a bajas tasas de PPG y R tras, respectivamente, el sombreado por macrófitos acuáticos y la alta sedimentación de partículas. En conclusión, los cambios en la producción primaria acuática podrían ser un umbral importante para controlar cambios drásticos en el ciclo de la materia orgánica y la subsiguiente sedimentación de pequeños arroyos tropicales tras dragados.