Aunque solo una pequeña cantidad del agua de la Tierra existe en forma de masas de agua superficiales continentales, este compartimento desempeña un papel importante en los ciclos biogeoquímicos que conectan la tierra con la atmósfera. El territorio de Brasil abarca una densa red fluvial y una gran cantidad de lagos poco profundos. Las acciones humanas se han visto fuertemente influenciadas por las aguas continentales en todo el país. Tanto la biodiversidad como los procesos en el agua están fuertemente influenciados por las fuerzas fluviales estacionales y/o las precipitaciones. Estos macrofactores son sensibles al cambio climático. Además de su importancia crucial para los humanos, las aguas continentales son ecosistemas extremadamente ricos que albergan una alta biodiversidad, promueven el equilibrio del paisaje (conectando ecosistemas, manteniendo los flujos de animales y plantas en el paisaje y transfiriendo masa, nutrientes e inóculos) y controlando los climas regionales mediante la retroalimentación del ciclo hidrológico. En esta contribución, describimos las respuestas ecológicas acuáticas al cambio climático desde una perspectiva conceptual y, posteriormente, analizamos los posibles escenarios de cambio climático en diferentes regiones de Brasil. También identificamos algunas posibles señales biogeoquímicas en aguas corrientes, lagos naturales y embalses artificiales. Los posibles cambios futuros en el clima y los ecosistemas acuáticos de Brasil son muy inciertos. Las aguas continentales se ven presionadas por los cambios ambientales locales debido a los usos del suelo, la fragmentación del paisaje, la construcción de represas y la desviación de cuerpos de agua, la urbanización, la carga de aguas residuales y el nivel de contaminantes, que pueden alterar los patrones biogeoquímicos en las aguas continentales a un plazo más corto que el cambio climático. De hecho, muchos cambios ambientales intensos pueden potenciar los efectos de los cambios climáticos. Por lo tanto, es urgente mantener los elementos clave del paisaje y evitar perturbaciones extremas en los sistemas para mantener la sostenibilidad de las aguas continentales brasileñas y prevenir eventos futuros más catastróficos.