Los agentes de control biológico bacteriano (BCAs) se han utilizado cada vez más contra enfermedades de las plantas. El enfoque tradicional para la fabricación de estos productos comerciales se basaba en la selección de especies bacterianas capaces de producir metabolitos secundarios que inhiben principalmente el crecimiento de hongos en medios óptimos. Se requiere que tales especies sean producidas masivamente y mantengan un almacenamiento a largo plazo. El objetivo de este proceso son las pruebas de campo a gran escala en las que los BCAs se manejan como cualquier otro pesticida. A pesar del conocimiento reciente sobre la importancia de las interacciones entre BCAs, hospedadores y microbiomas para activar las defensas de las plantas y permitir la colonización, los enfoques holísticos para maximizar su potencial aún están en su infancia. Existe una brecha en el conocimiento científico entre los experimentos en condiciones controladas para el crecimiento óptimo de BCAs y patógenos y las condiciones de campo limitadas en nutrientes en las que enfrentan la competencia de la microbiota del nicho. Además, los BCAs son considerados seguros por las autoridades competentes y el público, sin efectos secundarios para el medio ambiente; el impacto de OneHealth de su aplicación está poco estudiado. Esta revisión resume el estado del arte en la investigación de BCAs y cómo el conocimiento actual y las nuevas herramientas biotecnológicas han impactado el desarrollo y la aplicación de BCAs. También se discuten los desafíos futuros, como su uso combinado y la capacidad de mejorar el estrés en las plantas. Abordar tales desafíos establecería su uso a largo plazo como pesticidas agrícolas centrales y promotores del crecimiento de las plantas.