La calidad de la proteína dietética juega un papel clave en el mantenimiento de la integridad de la mucosa intestinal, pero también modula el crecimiento de microorganismos luminales. Este trabajo evaluó el efecto de las fuentes de proteína dietética en el rendimiento, la morfología intestinal y el microbioma en tilapia del Nilo. Se alimentaron a grupos triplicados de peces (peso inicial: 12 g) con cuatro dietas isonitrogenadas e isolipídicas que contenían cantidades equivalentes de suministro de proteína derivada de fuentes de PLANTAS, ANIMALES, INSECTOS o BACTERIAS (biomasa bacteriana) durante 46 días. Los peces alimentados con las dietas de ANIMALES y BACTERIAS mostraron aumentos de peso significativamente mayores que aquellos alimentados con las dietas de PLANTAS e INSECTOS ( < 0.05). La abundancia relativa a nivel de filo mostró que Bacteroidetes, Fusobacteria y Proteobacteria eran los filos más abundantes en el intestino de la tilapia, mientras que fue el género más representativo en todos los tratamientos. Se observaron patrones interesantes en la correlación entre la ingesta de aminoácidos y la abundancia de géneros y especies. El análisis de predicción del metabolismo mostró que las vías de degradación de aminas y poliaminas BACTERIANAS están moduladas dependiendo de las dietas. En conclusión, diferentes fuentes de proteína modulan la relación entre las vías funcionales de las bacterias y la ingesta de aminoácidos.