Desde una perspectiva de salud pública, es necesario mejorar la calidad del aire interior (CAI) en las escuelas. Este estudio tiene como objetivo evaluar el estado de la CAI percibida en las aulas de las escuelas eslovenas y su asociación con los factores seleccionados de CAI para mejorar la comprensión de la CAI percibida con el fin de diseñar intervenciones de salud pública destinadas a mejorar la CAI en las escuelas. Se realizó un estudio nacional transversal en las 454 escuelas primarias eslovenas durante el año escolar 2019/2020. Los cuestionarios fueron completados por los maestros de 3er grado con el apoyo de los cuidadores. Los maestros calificaron la CAI en el aula como la peor en invierno. Encontramos que la CAI percibida por los maestros en el aula está asociada de manera estadísticamente significativa con la micro ubicación de la escuela y algunos de los factores de CAI. La mala CAI está asociada con una reducción de la ventilación manual de las aulas debido al confort térmico de los ocupantes. Las intervenciones deben estar dirigidas a mejorar los comportamientos adaptativos de los ocupantes para aumentar la frecuencia de la ventilación natural en las aulas.