Durante milenios, los manantiales han proporcionado agua para beber, uso doméstico, tratamientos balneológicos, ritos de liminalidad, así como atracciones turísticas. En medio de estos usos, las actividades antropogénicas, especialmente la urbanización y la agricultura, continúan afectando la funcionalidad de los manantiales. Con el inminente cambio climático de la próxima década, los manantiales de agua dulce podrían ser una fuente sostenible de agua limpia para la realización del Objetivo de Desarrollo Sostenible 6. Este documento presenta los resultados de la inspección sanitaria y evaluación de las características limnológicas y la calidad de las muestras de agua (n = 64) de cuatro manantiales de agua dulce (categorizados como SPR1, SPR2, SPR3 y SPR4) en Kansanga, una zona propensa a inundaciones repentinas en la región de los Grandes Lagos de África en Uganda. Cada muestra fue analizada para 17 parámetros (temperatura, pH, conductividad eléctrica, turbidez, fluoruros, sulfatos, cloruros, nitratos, ortofosfatos, sólidos disueltos totales, oxígeno disuelto, alcalinidad total, potasio, sodio, dureza total, magnesio y calcio) siguiendo los métodos estándar. Se calculó el índice de calidad del agua (WQI) para establecer la calidad de las muestras de agua en función de los parámetros fisicoquímicos medidos. Basado en los resultados de la evaluación del riesgo sanitario, los manantiales tenían puntajes de riesgo de medio a alto, pero la mayoría de los parámetros del agua estaban dentro de las directrices de la OMS para agua potable, excepto por los nitratos (en SPR1 y SPR2), los niveles de dureza (en SPR2) y el oxígeno disuelto (en todas las muestras). La temporada y la ubicación de muestreo tuvieron efectos significativos en la limnología de los manantiales de agua dulce (p < 0.05). Los índices de calidad del agua calculados indicaron que el agua de los manantiales era de buena calidad (WQI = 50-57), pero hubo una reducción en la calidad del agua durante la temporada de lluvias. La mejor calidad de agua se registró en muestras de SPR4, seguido de SPR3, SPR1 y SPR2. Estos resultados proporcionan información sobre la contribución de las inundaciones y las malas instalaciones de saneamiento a la deterioración de la calidad del agua de los manantiales en Kansanga, y la necesidad de aprovechar estrategias de conservación adicionales para apoyar a las comunidades vulnerables en la zona. Se requieren más estudios para establecer el riesgo que representan los metales traza y los microbios que pueden contaminar el agua dulce en los manantiales estudiados, especialmente después de eventos de inundación.