Los amiloides son proteínas fibrilares con una estructura de beta cruzada. Los amiloides patológicos están asociados con el desarrollo de varias enfermedades incurables, mientras que los amiloides funcionales regulan procesos vitales. La detección de amiloides desconocidos en objetos vivos es una tarea difícil, por lo que la pregunta sobre la prevalencia y significado biológico de los amiloides sigue abierta. Presentamos una descripción de dos métodos, cuya combinación permite encontrar e identificar proteínas amiloides en el proteoma de varios organismos. El método de cribado proteómico para amiloides permite la detección de proteínas que forman agregados resistentes al SDS. La resistencia al SDS es una característica general de los fibrilos amiloides. Los agregados proteicos resistentes al tratamiento con SDS pueden ser recolectados por ultracentrifugación e identificados posteriormente por espectrometría de masas. Sin embargo, además de los amiloides, los agregados resistentes al SDS contienen algunas proteínas no amiloides. Para probar las propiedades amiloides de las proteínas identificadas por el cribado proteómico, desarrollamos el método de inmunoprecipitación de fibrillas seguido de tinción con rojo Congo y análisis de birrefringencia. Los métodos de cribado proteómico e inmunoprecipitación de proteínas fibrilares se han probado con éxito y se han aplicado para la identificación de proteínas amiloides en levaduras y vertebrados.