Los desiertos son lugares desafiantes para que las plantas sobrevivan debido a la baja disponibilidad de nutrientes, la sequía y el estrés por calor, el estrés hídrico y la herbivoría. Los endófitos, microbios que colonizan e infectan los tejidos de las plantas sin causar enfermedades aparentes, pueden contribuir al éxito de las plantas en tales entornos hostiles. El conocimiento actual sobre los endófitos de las plantas desérticas es limitado, pero los estudios realizados hasta ahora revelan que pueden mejorar la adquisición de nutrientes por parte del huésped, aumentar la tolerancia del huésped a los estreses abióticos y aumentar la resistencia del huésped a los estreses bióticos. Cuando se consideran en combinación con su amplio rango de huéspedes y alta tasa de colonización, hay un gran potencial para que los endófitos desérticos se utilicen en un entorno agrícola comercial, especialmente a medida que las tierras de cultivo enfrentan sequías más frecuentes y severas debido al cambio climático y a medida que la industria agrícola enfrenta una creciente presión para alejarse de los agroquímicos hacia alternativas más amigables con el medio ambiente. Aún se desconoce mucho sobre los endófitos desérticos, pero los estudios futuros pueden resultar fructíferos para el descubrimiento de nuevos biofertilizantes a base de endófitos, agentes de biocontrol y alivios del estrés abiótico de los cultivos.