En los últimos años, ha surgido un aumento del interés en la avena debido a sus propiedades únicas relacionadas con la salud. La Pudrición de la Espiga por Fusarium (FHB) es reconocida como una gran amenaza para la producción y seguridad de la avena. El Comité Mixto de Expertos en Aditivos Alimentarios de la FAO/OMS (JECFA) evalúa los riesgos de la presencia de micotoxinas producidas en alimentos y el nivel de ingesta tolerable. Este documento resume las actualizaciones sobre la resistencia en la avena, describiendo los avances en estrategias de fenotipado y métodos de diagnóstico y discutiendo el papel del proceso de infección del microbioma y los compuestos bioactivos peculiares de la avena. Se ha puesto un énfasis especial en la presentación de nuevos conocimientos y herramientas genéticas, genómicas y biotecnológicas disponibles hoy en día y sus perspectivas en programas de mejoramiento con el objetivo de desarrollar genotipos resistentes a la FHB.