Los briofitos epífitos son un componente importante en términos de diversidad y funcionamiento de los bosques montanos conocidos como puntos críticos de biodiversidad. Los briofitos dependen en gran medida de sus entornos externos porque son sensibles a los cambios ambientales relacionados con la perturbación, la fragmentación, la contaminación del aire y el cambio climático. Se analizaron la riqueza y la composición de briofitos en remanentes de bosques primarios y secundarios, donde se registraron la riqueza y la cobertura en las bases de troncos de 120 árboles. Se analizaron los cambios en la riqueza y diversidad de especies utilizando modelos lineales generalizados (GLMs), y los cambios en la composición de especies, utilizando análisis multivariantes. Se registraron un total de 57 especies de briofitos (36 hepáticas y 21 musgos) en las bases de los troncos. Por primera vez, se reportan 19 nuevas hepáticas para la provincia de El Oro. La riqueza y diversidad de especies de briofitos disminuyen en bosques perturbados en comparación con los bosques primarios, con una marcada disminución en las especies menos adaptadas a condiciones de alta luz (epífitos de sombra). En la misma línea, la composición de especies es diferente en cada tipo de bosque, donde los briofitos con altos requerimientos de humedad eran abundantes en los bosques primarios. Este estudio confirma que la perturbación forestal es un factor clave para determinar no solo el número de especies, sino también la composición de especies de briofitos. El diámetro máximo del árbol y los remanentes de bosques primarios son factores importantes en la conservación de especies de briofitos sensibles en la base de los árboles en uno de los últimos remanentes de bosques montanos en la provincia de El Oro, Ecuador.