Los brotes y microgreens han atraído un tremendo interés en múltiples disciplinas en los últimos años. Aquí, revisamos críticamente los avances más recientes para resaltar las perspectivas de investigación y nichos, y los desafíos relacionados, que aún no han sido abordados o perseguidos completamente. En particular, informamos sobre una serie de temas que merecen especial atención debido a su relevancia en la ciencia de las plantas, la nutrición, la salud y la zootecnia: (1) especies no investigadas o investigadas de manera inadecuada, como plantas silvestres y cepas de árboles frutales; (2) factores abióticos y bióticos, y bioestimulantes, para estrategias de elicitación e ingeniería metabólica; (3) tecnologías de saneamiento y procesamiento para obtener productos de alta calidad; (4) destino digestivo e impacto de elementos bioactivos, antinutrientes y alérgenos en la nutrición humana; (5) desafíos experimentales para investigar beneficios para la salud; (6) la oportunidad de generar bibliotecas de productos naturales para el descubrimiento de fármacos; y (7) brotes en la alimentación animal para mejorar tanto la salud animal como el valor nutricional de los productos animales para la dieta humana. La convergencia de diferentes temas que involucran competencias interdisciplinarias aboga por fascinantes investigaciones, por ejemplo, la elicitación de variantes metabólicas para generar colecciones de productos naturales para la identificación y selección de sustancias bioactivas con un papel como nutracéuticos, constituyentes clave de alimentos funcionales, o socios interactivos de fármacos específicos.