El estrés salino representa una amenaza significativa para el crecimiento de los cultivos. Si bien se ha demostrado que el brassinolido (BR) alivia sus efectos adversos y modula el desarrollo de las plantas, el mecanismo preciso subyacente a la tolerancia a la sal inducida por BR en el arroz sigue sin estar claro. En este estudio, se emplearon las variedades de arroz Chaoyouqianhao y Huanghuazhan para investigar los efectos de la inmersión de semillas en BR sobre el fenotipo de plántulas, la fisiología, el transcriptoma y el metaboloma bajo estrés salino. Los resultados demostraron que el tratamiento con BR mejoró significativamente la altura de las plantas de arroz, la longitud de las raíces, la biomasa y las actividades de las enzimas antioxidantes, mientras que redujo el daño en las membranas foliares, promovió la homeostasis iónica y mejoró la capacidad fotosintética y la tolerancia a la sal. El análisis del transcriptoma reveló que BR reguló la expresión de 1042 y 826 genes relacionados con la actividad antioxidante, la homeostasis iónica, la fotosíntesis y el metabolismo de lípidos bajo estrés salino. Estos incluyeron genes involucrados en el eflujo de Na, el transporte de electrones fotosintéticos, el fotosistema II y la fijación de CO. El análisis metabolómico identificó 91 y 57 alteraciones de metabolitos inducidas por BR, principalmente vinculadas al metabolismo de aminoácidos, flavonoides y lípidos, con aumentos notables en metabolitos antioxidantes como lignanosido, isorhamnetina y ácido L-glutámico. El análisis integrado destacó los roles fundamentales del 12-OPDA en el metabolismo del ácido alfa-linolénico y genes relacionados con el metabolismo de lípidos, el metabolismo de JA y la transducción de señales de JA en la tolerancia a la sal mediada por BR.