En el hemisferio sur, la producción comercial de avellanas ha aumentado en los últimos años, con una detección concomitante de nuevos patógenos asociados con la producción de plantas, denominadas enfermedades infecciosas emergentes (EIE). La necrosis gris (GN) es una enfermedad de la avellana que causa el 30% de las pérdidas económicas en Europa. En este sentido, recientemente informamos la GN como una EIE en Chile, el principal productor de avellanas en el hemisferio sur. Por lo tanto, se requieren con urgencia estrategias de control para evitar la propagación de la enfermedad. En este estudio, se determinó el efecto de la fertilización con boro (B) y zinc (Zn) en la incidencia de GN. Además, se evaluó la composición de la comunidad de microorganismos a través de la Electroforesis en Gel de Gradiente de Dendrogramas (DGGE), y se aislaron bacterias del tejido interno (endofíticas) para estudiar sus rasgos de biocontrol en condiciones de invernadero. La ocurrencia microbiana y la capacidad de biocontrol se evaluaron utilizando MALDI-TOF/TOF. Según los resultados, B y Zn promueven bacterias beneficiosas que podrían disminuir los síntomas asociados con GN. Por lo tanto, los microorganismos beneficiosos, aplicados en combinación con micronutrientes, podrían aplicarse de manera sinérgica en la agricultura sostenible.