Las altas concentraciones de boro (B) en el suelo pueden causar efectos tóxicos en las plantas, por lo que el algodón herbáceo (latifolium Hucth) es un cultivo sensible a dicho estrés. Así, este estudio tuvo como objetivo evaluar la emergencia, partición y asignación de compuestos metabólicos de dos cultivares de algodón herbáceo sometidos a tratamientos con B. El experimento se llevó a cabo en un invernadero, bajo un diseño completamente aleatorizado en un esquema factorial 2 x 4, utilizando dos cultivares y cuatro concentraciones de B en forma de ácido bórico: 0.5 (control), 30, 60 y 120 mg dm B. El aumento en la concentración de B en el suelo generó un efecto tóxico significativo en el crecimiento y la biomasa de la planta de algodón. El cultivar 1-TMG 50 WS3 obtuvo mayor emergencia y crecimiento de brotes, mientras que el cultivar 2-FM 911 GLTP invirtió en raíces; sin embargo, en ambos cultivares, el B permaneció acumulado en el brote. Hubo un aumento en los aminoácidos en las raíces y una disminución en las proteínas y compuestos fenólicos en hojas y cotiledones. Se concluyó que las plántulas presentaron una emergencia satisfactoria hasta 60 mg dm B, y que entre los cultivares hay respuestas distintas a la aplicación de B.