El bornavirus de loro (PaBV) es un virus ARN que causa la enfermedad de dilatación proventricular (PDD), trastornos neurológicos y muerte en aves. Su diversidad en América del Sur es poco conocida. Examinamos neuropatías, PDD y oculopatías como los principales signos. Detectamos PaBV a través de la reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR) y la secuenciación parcial de los genes de la nucleoproteína y matriz. Las inferencias filogenéticas de máxima verosimilitud y bayesianas lo clasificaron como PaBV-2. La identidad de nucleótidos de la cepa secuenciada varió del 88.3% al 90.3% frente al genotipo PaBV-2 y del 80.2% al 84.4% frente a otros genotipos. El análisis de presión selectiva detectó signos de selección diversificante episódica en ambos genes. No se detectaron eventos de recombinación. El análisis filodinámico estimó el tiempo hasta el ancestro común más reciente (TMRCA) como el año 1758 para el genotipo PaBV-2 y el año 1049 para la especie. Las tasas de sustitución se estimaron en 2.73 x 10 y 4.08 x 10 sustituciones por año por sitio para los genes de nucleoproteína y matriz, respectivamente. El análisis de dinámica poblacional mostró un declive progresivo en el tamaño efectivo de la población durante el último siglo. El análisis filogeográfico a escala temporal reveló un posible ancestro sudamericano como el origen de los genotipos 1, 2 y 8. Estos resultados contribuyen a nuestro conocimiento sobre el origen evolutivo, la diversidad y la dinámica de los PaBVs en América del Sur y el mundo. Además, destaca la importancia de realizar más estudios en aves en cautiverio y el impacto potencial en aves silvestres en peligro de extinción.