Las enfermedades de la caña de azúcar pueden ser controladas mediante un enfoque de manejo integrado donde las herramientas biotecnológicas pueden contribuir con éxito. La Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres (EEAOC) en Tucumán (el principal productor de caña de azúcar de Argentina) ha implementado con éxito múltiples estrategias que mejoran en gran medida la productividad de los campos de caña de azúcar. El programa de mejoramiento local desarrolla variedades resistentes aplicando marcadores moleculares para revelar la presencia del gen de resistencia a la roya marrón en toda la colección de germoplasma de la EEAOC. Además, se identificaron alelos SNP vinculados a nuevas fuentes de resistencia siguiendo una estrategia de genotipado selectivo. Otra estrategia es la implementación de un proyecto de saneamiento de caña semilla utilizando terapia hidrotermal, una técnica de cultivo, diagnóstico molecular de enfermedades y bionanopartículas. Como resultado, la incidencia de enfermedades sistémicas ha disminuido significativamente en los campos de producción. Más recientemente, el uso de productos biológicos ha demostrado ser efectivo para el control de enfermedades en las variedades de la EEAOC. En resumen, varias estrategias biotecnológicas, incluyendo marcadores moleculares asociados con fuentes resistentes, cultivo de meristemos apicales, técnicas de diagnóstico molecular y el uso de bioproductos, se están utilizando con éxito para el manejo sostenible de las enfermedades de la caña de azúcar en Tucumán, Argentina.