La degradación de los ecosistemas forestales mediterráneos, como los bosques de encinas, se ha intensificado en las últimas décadas debido al cambio climático, los incendios forestales y la deforestación, comprometiendo la regeneración natural del suelo. En este contexto, es esencial aplicar estrategias sostenibles para restaurar el suelo y promover el crecimiento de las plantas, ayudando así a la regeneración del ecosistema. Una de estas estrategias es el uso de bacterias promotoras del crecimiento de plantas (PGPB) en combinación con residuos orgánicos recuperados, como los de las plantas de tratamiento de aguas residuales (PTAR). En este trabajo, se evaluaron los efectos de un biofertilizante formulado a partir de residuos de PTAR (con y sin esterilización), suplementado con dos cepas de PGPB, sobre el crecimiento de plántulas de encina bajo condiciones de campo. Se llevó a cabo un estudio sobre su composición nutricional, el cenoantibiograma rizosférico y su diversidad microbiana funcional y taxonómica. Se compararon nueve combinaciones de tratamientos químicos y biológicos utilizando riego con agua como control. Los resultados mostraron que los tratamientos con PTAR, especialmente combinados con cepas de PGPB, promovieron un mayor desarrollo de las plantas y una menor tasa de mortalidad de las plántulas. El cenoantibiograma mostró una reducción en el perfil de resistencia en suelos tratados con biofertilizante, sin afectar la diversidad microbiana del suelo, que permaneció inalterada en todos los tratamientos, como lo confirmaron los análisis de diversidad metagenómica y funcional. En general, esta investigación refuerza la viabilidad del uso de biofertilizantes recuperados de PTAR como una estrategia ecológica y efectiva para la recuperación de bosques de encinas degradados.