En la ganadería, la importancia de la gestión de la higiene está ganando relevancia en el contexto de la bioseguridad. El objetivo de este estudio fue monitorear la implementación de procedimientos de bioseguridad e higiene en 20 explotaciones porcinas durante un período de 12 meses, impulsados por planes a medida, incluyendo capacitación en la granja. La medida de los contenidos ambientales de trifosfato de adenosina (ATP) se utilizó como un biomarcador de salida. También se investigó la presencia de estafilococos resistentes a la meticilina asociados a ganado (LA-MRSA) y de productores de beta-lactamasa de espectro extendido (ESBL-) como centinelas de la resistencia a los antibióticos. Se observó una mejora significativa en la bioseguridad (p = 0.006) y una reducción en el contenido de ATP en el ambiente desinfectado (p = 0.039). Un grupo que incluía 6 de 20 granjas mejoró considerablemente tanto la bioseguridad como los contenidos de ATP, mientras que las 14 de 20 granjas restantes solo los mejoraron ligeramente. A pesar de que la prevalencia de ESBL- (30.0%) después de los procedimientos de higiene disminuyó significativamente, la prevalencia de LA-MRSA (22.5%) no se vio afectada. A pesar de los resultados prometedores que respaldan la adopción de planes de bioseguridad a medida y la medida de ATP ambiental como un biomarcador de salida, la alta prevalencia de LA-MRSA aún detectada al final del estudio subraya la importancia de mejorar aún más la bioseguridad y la higiene en la granja en un enfoque de una sola salud destinado a preservar también la salud de los trabajadores porcinos.