La descarga continua de productos farmacéuticos y de cuidado personal (PPCPs) en el medio ambiente debido a su uso generalizado y la falta de sistemas efectivos para su eliminación del agua es un problema global. En este estudio, se analizó la disipación de ibuprofeno, diclofenaco y triclosán añadidos simultáneamente en sistemas de biopurificación (BPSs) con diferentes composiciones y su efecto en la estructura de la comunidad microbiana. Tres BPSs, constituidos por mezclas de suelo (S), turba (P) o alperujo húmedo crudo (A) o su vermicompost (V) y paja (S) fueron preparados (SPS, SAS y SVS). Se llevaron a cabo experimentos de sorción y degradación. Después de 84 días de incubación, más del 85% de cada PPCP aplicado había disminuido. Se determinó que el metil-triclosán era el más alto en la biomixtura SVS. Las biomixturas con menor relación C/N y mayor diversidad alfa fueron las más efectivas en la eliminación de PPCPs. Inicialmente, las biomixturas de BPS mostraron una estructura microbiana diferente dominada por Proteobacteria, Actinobacteria y Bacteroidetes, pero después de la adición de PPCPs, se observó un patrón similar en la abundancia relativa del filo Chloroflexi, la clase Sphingobacteriia y el género Brevundimonas. Estos sistemas de biopurificación pueden ser útiles para prevenir la contaminación puntual debido a la eliminación de aguas contaminadas con PPCPs.