Los macroinvertebrados acuáticos (AMI) desempeñan un papel importante en la ecología de los humedales, ya sea por su función reguladora de los ciclos de la materia, como por su función de almacenamiento de energía, representada en su biomasa, la cual se transfiere a niveles tróficos superiores. Para responder a la pregunta de cómo se relaciona la biomasa de diferentes gremios tróficos de AMI con las variables fisicoquímicas en el humedal Jaboque (Bogotá, Colombia), se realizaron cuatro muestreos entre abril de 2009 y enero de 2010, según los períodos de lluvia y sequía en la región. Los valores de biomasa de AMI obtenidos se clasificaron como intermedios. No se encontraron diferencias significativas temporales, sino espaciales. Aparentemente, estas diferencias espaciales parecen estar asociadas con variaciones en la presión antropogénica, que difiere en cada área del humedal. En los meses secos (enero y agosto), la biomasa fue mayor y estuvo dominada por detritívoros. Observamos una relación positiva entre la conductancia específica del agua y la biomasa de depredadores y detritívoros, así como entre la temperatura del agua y la biomasa de detritívoros y desmenuzadores. Estas relaciones sugieren que las variables físicas y químicas influyen en la distribución, abundancia y biomasa de los grupos funcionales. Las condiciones físicas y químicas del agua mostraron fluctuaciones espaciotemporales relacionadas con cambios en la concentración de materia orgánica y nutrientes, que presumiblemente se relacionaron con las descargas de los afluentes y el alto impacto de las poblaciones humanas locales.