El embalse Funil recibe una gran cantidad de xenobióticos del río Paraíba do Sul (PSR) provenientes de numerosas industrias y municipios de la cuenca. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la calidad ambiental a lo largo del perfil longitudinal del sistema río Paraíba do Sul-embalse Funil, mediante el uso de biomarcadores y bioindicadores en una especie de pez seleccionada. La hipótesis planteada es que el embalse Funil actúa como un filtro para los xenobióticos de las aguas del PSR, mejorando la calidad del agua del río aguas abajo de la presa. Se utilizaron dos biomarcadores, la actividad de la etoxiresorufina-O-desetilasa (EROD), medida fluorimétricamente en la fracción hepática S9, y la frecuencia de micronúcleos (MN), observada en los eritrocitos del citoplasma, y ​​tres bioindicadores, el índice hepatosomático (HSI), el índice gonadosomático (GSI) y el factor de condición (CF), en Pimelodus maculatus, una especie de pez ampliamente distribuida en el sistema. Se exploraron cuatro zonas a través de un gradiente longitudinal: 1, río aguas arriba del embalse; 2, embalse superior; 3, embalse inferior; 4, río aguas abajo del embalse. La actividad de EROD, el HSI y el GSI presentaron diferencias significativas entre las zonas (P < 0,05). El embalse superior presentó la actividad de EROD y el HSI más bajos, mientras que el río aguas abajo del embalse presentó la EROD más alta y el GSI más bajo. El río aguas arriba del embalse mostró el HSI y el GSI más altos. Se sugiere que las condiciones ambientales más bajas se dan en la zona río abajo del embalse, donde parece haber una mayor influencia de xenobióticos, lo cual podría estar asociado con la operación de la central hidroeléctrica. Se rechazó la hipótesis de que el embalse Funil actúa como un filtro que decanta la contaminación de las aguas del río Paraíba do Sul. Estos resultados constituyen información novedosa sobre este tema para una especie de pez nativa y podrían ser útiles para futuras comparaciones con otros entornos.