La cebada (L.) es el cuarto cultivo de cereal más grande del mundo. Una de las enfermedades más devastadoras de la cebada en todo el mundo es la pudrición de la espiga por Fusarium (FHB) causada por Schwabe. La infección por FHB produce varios micotoxinas, y el deoxinivalenol (DON) es una de ellas responsable de la deterioración de la calidad del grano. El número actual limitado de marcadores moleculares fiables hace que el desarrollo de cultivares resistentes a FHB sea bastante difícil y laborioso. Además, hay un número limitado de biomarcadores específicos diseñados que podrían distinguir la resistencia a FHB y la acumulación de micotoxinas en los cultivares de cebada. Este estudio investigó los compuestos fenólicos de diez diferentes cultivares de cebada canadiense, cultivados en ensayos de campo artificialmente infectados y no infectados por FHB. Se utilizó el ensayo por inmunoabsorción ligado a enzimas (ELISA) para evaluar la presencia de DON en los granos infectados cosechados de cada variedad probada. Se realizó un análisis de cromatografía líquida de alta resolución (HPLC) utilizando tanto muestras infectadas como no infectadas. Identificamos diferencias entre los cultivares probados en muestras no infectadas a través del análisis cuantitativo de compuestos fenólicos libres y ligados. Los cultivares resistentes mostraron mayores cantidades de compuestos fenólicos ligados principales en comparación con el testigo susceptible CDC Bold. Además, los cultivares infectados por FHB produjeron cantidades significativamente mayores de ácido sinápico (SIN) y catequina (CAT) en la forma soluble libre de fenólicos en cebada en comparación con los sujetos no infectados. Este estudio sugiere que los compuestos fenólicos en cebada podrían permitir a los mejoradores de cebada identificar y desarrollar con precisión germoplasma y cultivares de cebada resistentes a FHB.