El transporte de animales es actualmente un procedimiento estresante. Por lo tanto, se necesitan indicadores basados en animales para una evaluación del bienestar fiable y no invasiva. La saliva es un biospecimen con potencial validez para la determinación de cortisol y estrés oxidativo, aunque su uso para evaluar el bienestar de los terneros durante el transporte nunca ha sido probado. De manera similar, la aplicabilidad y fiabilidad de la termografía infrarroja para evaluar el cambio de temperatura durante el transporte de terneros nunca ha sido evaluada. Estos objetivos se delinearon siguiendo la conocida y creciente necesidad de identificar metodologías no invasivas para la evaluación del estrés en bovinos. Este estudio se llevó a cabo en 20 terneros de la raza autóctona Arouquesa, de aproximadamente nueve meses de edad, durante su transporte al matadero. Para cada animal, se recolectaron muestras de saliva e imágenes termográficas del ojo en tres momentos: antes del transporte, después del transporte y en el matadero. La saliva fue procesada para medir los niveles de cortisol y parámetros de estrés oxidativo (especies reactivas de oxígeno, sustancia reactiva al ácido tiobarbitúrico, carbonilos y productos de proteínas de oxidación avanzada), y las imágenes fueron analizadas utilizando el software FLIR Tools+. Se observó un aumento en la concentración de cortisol y en los parámetros de estrés oxidativo (especies reactivas de oxígeno, sustancia reactiva al ácido tiobarbitúrico, carbonilos y productos de proteínas de oxidación avanzada) en la saliva después del transporte. También se observó un aumento en la temperatura del ojo provocado por el transporte. Los resultados de cortisol y temperatura del ojo en el matadero volvieron a valores similares a los de antes del transporte; sin embargo, los valores de estrés oxidativo permanecieron aumentados (principalmente los valores de TBARS). Estas técnicas no invasivas parecen ser indicadores fiables de estrés en el transporte de bovinos, y los parámetros de estrés oxidativo en la saliva pueden ser un marcador persistente para la evaluación del bienestar.