El análisis bioinformático revela el papel de la optimización de la eficiencia de la elongación de la traducción en la evolución del género
Autores: Korenskaia, Aleksandra Y.; Matushkin, Yury G.; Mustafin, Zakhar S.; Lashin, Sergey A.; Klimenko, Alexandra I.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
El análisis bioinformático revela el papel de la optimización de la eficiencia de la elongación de la traducción en la evolución del género
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Eficiencia de traducción
Expresión génica
Procariotas
Genomas de bacterias
Filogenia
Sesgo en el uso de codones
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 19
Citaciones: Sin citaciones
La eficiencia de la traducción modula la expresión génica en procariotas. El análisis comparativo de las características de eficiencia de elongación de la traducción de los genomas de bacterias del género reveló que estas características divergen de acuerdo con la filogenia. La primera rama de este género es un grupo de bacterias comúnmente encontradas en ambientes húmedos como el suelo y el agua, que incluye las especies, que también se describen como patógenos de infecciones nosocomiales. En contraste, la segunda rama son bacterias fitopatógenas que consisten en. Encontramos que el suelo tiene un número y energía significativamente más bajos de estructuras secundarias potenciales en el ARNm y un papel incrementado del sesgo en el uso de codones en la optimización de la eficiencia de elongación de la traducción de genes altamente expresados, no solo en comparación con fitopatógenas, sino también con, que está estrechamente relacionado con el género. Las alteraciones observadas en la eficiencia de elongación de la traducción de genes ortólogos también se reflejan en la diferencia del contenido de conjuntos de genes potencialmente altamente expresados entre ramas con diferentes estilos de vida. El análisis de las características de eficiencia de elongación de la traducción puede considerarse un enfoque prometedor para estudiar mecanismos complejos que determinan la evolución y adaptación de las bacterias en diversos entornos.
Descripción
La eficiencia de la traducción modula la expresión génica en procariotas. El análisis comparativo de las características de eficiencia de elongación de la traducción de los genomas de bacterias del género reveló que estas características divergen de acuerdo con la filogenia. La primera rama de este género es un grupo de bacterias comúnmente encontradas en ambientes húmedos como el suelo y el agua, que incluye las especies, que también se describen como patógenos de infecciones nosocomiales. En contraste, la segunda rama son bacterias fitopatógenas que consisten en. Encontramos que el suelo tiene un número y energía significativamente más bajos de estructuras secundarias potenciales en el ARNm y un papel incrementado del sesgo en el uso de codones en la optimización de la eficiencia de elongación de la traducción de genes altamente expresados, no solo en comparación con fitopatógenas, sino también con, que está estrechamente relacionado con el género. Las alteraciones observadas en la eficiencia de elongación de la traducción de genes ortólogos también se reflejan en la diferencia del contenido de conjuntos de genes potencialmente altamente expresados entre ramas con diferentes estilos de vida. El análisis de las características de eficiencia de elongación de la traducción puede considerarse un enfoque prometedor para estudiar mecanismos complejos que determinan la evolución y adaptación de las bacterias en diversos entornos.