Análisis bioinformático de la familia de genes BTB y caracterización funcional en respuesta a estrés abiótico y biótico
Autores: Zhu, Peipei; Fan, Yujie; Xu, Pingluo; Fan, Guoqiang
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Análisis bioinformático de la familia de genes BTB y caracterización funcional en respuesta a estrés abiótico y biótico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Estructura genética
Evolución filogenética
Función
Estrés biótico
Estrés abiótico
Datos de transcriptoma
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
Para aprender sobre la estructura genética, la evolución filogenética y la función bajo estrés biótico y abiótico de los genes BTB (Bric-a-Brac/Tramtrack/Broad Complex) en , se llevó a cabo una evaluación de la secuencia del genoma completo, y se identificaron un total de 62 genes. El análisis filogenético mostró que las proteínas PfBTB se dividen en ocho grupos, y estas proteínas son altamente conservadas. Los genes estaban distribuidos de manera desigual en 17 cromosomas. El análisis de colinealidad encontró que la replicación de fragmentos y la replicación en tándem son los principales modos de amplificación de genes en la familia. El análisis de elementos de acción sugiere que los genes pueden estar involucrados en una variedad de procesos biológicos. Los resultados del análisis transcriptómico mostraron que respondieron al muérdago de Paulownia (PaWB), mientras que respondieron al estrés por sequía, y los resultados de RT-qPCR respaldan aún más la fiabilidad de los datos del transcriptoma. Además, el análisis de asociación entre miARN y transcriptoma reveló una relación de 91 pares de objetivos entre miARN y . En conclusión, los genes en son identificados sistemáticamente en esta investigación. Este trabajo proporciona conocimientos útiles para apreciar más plenamente las funciones potenciales de estos genes y sus posibles roles en la aparición de PaWB y en respuesta al estrés.
Descripción
Para aprender sobre la estructura genética, la evolución filogenética y la función bajo estrés biótico y abiótico de los genes BTB (Bric-a-Brac/Tramtrack/Broad Complex) en , se llevó a cabo una evaluación de la secuencia del genoma completo, y se identificaron un total de 62 genes. El análisis filogenético mostró que las proteínas PfBTB se dividen en ocho grupos, y estas proteínas son altamente conservadas. Los genes estaban distribuidos de manera desigual en 17 cromosomas. El análisis de colinealidad encontró que la replicación de fragmentos y la replicación en tándem son los principales modos de amplificación de genes en la familia. El análisis de elementos de acción sugiere que los genes pueden estar involucrados en una variedad de procesos biológicos. Los resultados del análisis transcriptómico mostraron que respondieron al muérdago de Paulownia (PaWB), mientras que respondieron al estrés por sequía, y los resultados de RT-qPCR respaldan aún más la fiabilidad de los datos del transcriptoma. Además, el análisis de asociación entre miARN y transcriptoma reveló una relación de 91 pares de objetivos entre miARN y . En conclusión, los genes en son identificados sistemáticamente en esta investigación. Este trabajo proporciona conocimientos útiles para apreciar más plenamente las funciones potenciales de estos genes y sus posibles roles en la aparición de PaWB y en respuesta al estrés.