El desequilibrio del microbioma del suelo es un indicador primario de la DRA (enfermedad de replantación de manzanas). La biofumigación es un tratamiento que permite la restauración del equilibrio del microbioma. Este estudio implicó un análisis de la diversidad taxonómica y funcional de las comunidades bacterianas en suelo replantado (DRA), en suelos replantados con cultivos anteriores de cempasúchil (Tagetes patula), mostaza blanca (Sinapis alba), y rábano oleaginoso (Raphanus sativus var.), y en suelo agrícola. El tratamiento de biofumigación con plantas fitosanitarias cambió la estructura y abundancia del microbioma del suelo replantado en un vivero de árboles frutales. El recuento de unidades taxonómicas operativas (OTU) de los filos Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes y Acidobacteria aumentó, mientras que el recuento de los filos Planctomycetes, Verrucomicrobia y Chloroflexi disminuyó. La biofumigación causó un aumento en el contenido de algunos géneros bacterianos dominantes, como Bacillus, Pseudomonas, Arthrobacter, Streptomyces y Rhizobium, en el suelo replantado. Su presencia en el suelo puede mejorar el crecimiento de las plantas, inducir su resistencia sistémica y, por lo tanto, mejorar las propiedades de producción del suelo con DRA. Los resultados de la investigación llevaron a la conclusión de que el uso de plantas fitosanitarias en la producción de viveros puede ser una alternativa efectiva a la fumigación química del suelo.