Los biofertilizantes se utilizan ampliamente para mejorar la fertilidad del suelo y la secuestración de carbono (C), pero el mecanismo para aumentar la acumulación de C sigue siendo incierto. En este estudio, se investigaron los efectos del biofertilizante en la mineralización del C orgánico asociado a los agregados en un experimento de campo con cinco tratamientos (sustituto de biofertilizante 0 (CF), 10% (BF10), 20% (BF20), 30% (BF30) y 50% (BF50) de fertilizante químico nitrógeno (N)). Las fracciones de agregados recolectadas mediante el método de tamizado en seco se utilizaron para determinar la dinámica de mineralización del C orgánico asociado a los agregados. La comunidad microbiana a través de las fracciones de agregados se detectó mediante el método de ácido graso fosfolípido (PLFA). Los resultados indicaron que el biofertilizante aumentó el stock de C orgánico en las fracciones de agregados y el suelo a granel en comparación con CF. La mineralización acumulativa del C orgánico asociado a los agregados aumentó con la tasa creciente de aplicación de biofertilizante. Sin embargo, la proporción de C mineralizado orgánico fue menor en el tratamiento BF20 excepto para los agregados de 2 mm que fueron 79.7%, 130.0%, 141.0% y 148.5% en BF10, BF20, BF30 y BF50, respectivamente. Del mismo modo, los PLFAs en los agregados de 0.25-2, 0.053-0.25 y 2 mm. El biofertilizante aumentó el valor de PLFA de hongos / PLFA de bacterias pero disminuyó G + PLFA / G- PLFA, y BF20 compartió los mayores cambios. Por lo tanto, la aplicación adecuada de biofertilizantes fue beneficiosa para mejorar el microambiente del suelo y minimizar los riesgos de degradación del suelo.