La segunda generación de bioetanol se considera una opción adecuada para reemplazar los combustibles fósiles. Los residuos agrícolas se están estudiando como materias primas para la generación de azúcar, que a su vez se convierten en etanol. Entre ellos, la paja de cebada (BS) es un material crudo prometedor, debido a su alta abundancia, composición lignocelulósica y falta de otras aplicaciones prácticas. Bajo estas premisas, el objetivo central de este estudio es sugerir un esquema eficiente de producción de bioetanol a partir de BS en diferentes niveles de integración en la co-fermentación con SL100, incluyendo hidrólisis y co-fermentación separadas (SHCF), sacarificación simultánea y co-fermentación (SSCF) y presacarificación y sacarificación simultánea y co-fermentación (PSSCF), utilizando las fracciones de sólidos insolubles en agua (WIS) y de lodo obtenidas después del pretratamiento por explosión de vapor (SE). Los mejores resultados en términos de rendimiento de etanol se lograron siguiendo el proceso SHCF, utilizando el WIS y el lodo como sustratos, con rendimientos del 89.1% y 78.8% del máximo teórico, respectivamente. Considerando todos los puntos anteriores, se propone el siguiente esquema para la conversión de BS en etanol: pretratamiento de SE (160 grados C, 30 min) de BS previamente remojada durante la noche en una solución de ácido fosfórico al 2.88%, filtración del lodo, seguida de hidrólisis enzimática y co-fermentación de las dos fracciones obtenidas por separado, con previa detoxificación del prehidrolizado con hidróxido de amonio (5 N). Bajo estas condiciones, se produjeron 19.43 g de bioetanol a partir de 100 g de BS.