Las inundaciones estacionales son el fenómeno ecológico más importante del Pantanal. Cada año, muchas partes del bioma cambian de hábitats terrestres a acuáticos y viceversa. El grado de inundación crea una variedad de hábitats importantes. Las inundaciones ocupan aproximadamente el 80% de todo el Pantanal. En cambio, durante la estación seca, la mayoría de las zonas inundadas permanecen secas, cuando el agua regresa a los cauces de los ríos o se evapora. El Pantanal es un extenso humedal de sabana continental (147.574 km² en Brasil), que limita con Bolivia al norte y Paraguay al sur. El entramado de niveles de agua fluctuantes, nutrientes y biota forma un ecosistema dinámico. La vegetación comprende 1.863 especies de plantas fanerógamas registradas para la llanura aluvial y 3.400 para toda la cuenca, además de 250 especies de plantas acuáticas. La compleja cobertura vegetal y la productividad estacional sustentan una fauna diversa y abundante en la llanura aluvial: 263 especies de peces, 41 de anfibios, 113 de reptiles (177 en la cuenca), 463 de aves y 132 de mamíferos. Se encuentran numerosas especies en peligro de extinción, como el jaguar (Panthera onca Linnaeus, 1758). Las aves acuáticas son excepcionalmente abundantes durante la estación seca. El análisis de las causas fundamentales de las amenazas a la biodiversidad indicó que la deforestación (17% del Pantanal y 63% de las tierras altas circundantes), junto con la modificación y pérdida de hábitats naturales debido a la ganadería, la agricultura insostenible, la minería, la contaminación ambiental (incluyendo mercurio, pesticidas y aguas residuales urbanas), el turismo no organizado, los incendios, las perturbaciones en la región río arriba que modifican el caudal hidrológico, la erosión y la deficiente implementación y aplicación de la legislación, son los principales problemas que enfrentan las acciones de conservación y el uso sostenible. Desde una perspectiva evolutiva, la biodiversidad local parece estar bien adaptada a la reducción y expansión estacional de los hábitats naturales debido a las inundaciones. Sin embargo, la conversión de la vegetación natural debido a la ocupación humana constituye una amenaza real para la biodiversidad.