La enfermedad de la agalla de la corona (CGD), causada por, es una enfermedad vegetal común que conduce a pérdidas económicas significativas. El control biológico es un método sostenible y escalable para gestionar la CGD. En este estudio, aislamos tres cepas del suelo de la rizosfera de cerezos sanos e investigamos sus actividades de biocontrol y los mecanismos subyacentes contra la CGD de los cerezos. Los resultados demuestran que las tres cepas pueden inhibir eficazmente el crecimiento de la cepa patógena XYT58 in vitro bajo diferentes condiciones de cultivo. Los experimentos en macetas mostraron que las tres cepas podían prevenir la CGD en plántulas de cerezo. Mediante amplificación por PCR, identificamos los genes responsables de la síntesis de difficidina, macrolactina y bacilisina en las tres cepas. Además, la inoculación con las cepas WY66 y WY519 mejoró significativamente la expresión de los genes relacionados con las vías de JA, ET y SA en las plantas de cerezo. La presencia de genes relacionados con la síntesis de antibióticos en las cepas y el desencadenamiento de la ISR en las plantas pueden explicar su capacidad para controlar la CGD en los cerezos. Los hallazgos de este estudio proporcionan una base teórica para la aplicación y el desarrollo de cepas de rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal en el control de la CGD.